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Qu'est-ce que cela signifie d'avoir des crochets autour d'un nom de genre ?

Qu'est-ce que cela signifie d'avoir des crochets autour d'un nom de genre ?


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Par exemple [Eubacterium] rectale


Le personnel de taxonomie du NCBI place des crochets autour du genre pour certaines espèces (exemples : [Bacillus] aminovorans, [Candida] auris) pour indiquer qu'elles sont mal classées*, c'est-à-dire placées de manière incorrecte dans un rang taxonomique supérieur.

Les références:

https://support.nlm.nih.gov/knowledgebase/article/KA-03379/en-us


Intervalles de confiance expliqués

Publié le 7 août 2020 par Rebecca Bevans. Révisé le 11 février 2021.

Lorsque vous faites une estimation dans les statistiques, qu'il s'agisse d'une statistique récapitulative ou d'une statistique de test, il y a toujours une incertitude autour de cette estimation car le nombre est basé sur un échantillon de la population que vous étudiez.

Les Intervalle de confiance est la plage de valeurs dans laquelle vous vous attendez à ce que votre estimation se situe entre un certain pourcentage du temps si vous réexécutez votre expérience ou ré-échantillonnez la population de la même manière.

Les un niveau de confiance est le pourcentage de fois où vous pensez reproduire une estimation entre les limites supérieure et inférieure de l'intervalle de confiance, et est défini par la valeur alpha.


Description de l'enregistrement au format GenPept

  • Format d'adhésion : WP_ + 9 chiffres le trait de soulignement '_' fait partie du numéro d'accession.
  • Numéro de version: le numéro de version est toujours 1.
  • Ligne DEFINITION : la ligne de définition comprend le nom de la protéine suivi d'un nom d'organisme entre crochets ([ ]). L'organisme peut être identifié au niveau de l'espèce jusqu'au super-royaume et ne reflète pas les informations spécifiques à la souche. Cette ligne peut inclure un préfixe 'MULTISPECIES:' si l'enregistrement protéique est annoté sur des génomes d'espèces différentes. Si la protéine est annotée sur les génomes de différents super-royaumes, alors chaque nom de super-royaume est fourni entre crochets séparés. Veuillez consulter les exemples ci-dessous.
  • MOTS CLÉS: RefSeq CROSS_KINGDOM (facultatif, exemple WP_041895446.1)
  • SOURCE DE BD : cette ligne n'est pas fournie.
  • ORGANISME: cette ligne rapporte des informations au niveau du super-royaume aux espèces et n'inclut pas d'informations spécifiques à la souche.
    • Les genre espèce le nom est représenté lorsque la protéine se trouve sur une à plusieurs souches ou isolats de la même espèce (exemple WP_000091939.1).
    • Le nœud taxonomique commun le plus bas est indiqué lorsqu'une protéine non redondante est trouvée dans plusieurs espèces (exemple WP_003547430.1).
    • Deux blocs d'organismes sont fournis pour les protéines qui sont annotées sur des génomes de différents règnes (exemple WP_041895446.1).
    • REFSEQ : Cet enregistrement représente une séquence protéique unique, non redondante, qui peut être annotée sur de nombreux génomes RefSeq différents de la même espèce ou d'espèces différentes.
    • Une fonction de source unique est fournie lorsque la protéine non redondante se trouve sur les génomes d'un seul super-royaume (par exemple, WP_003547430.1 ou WP_000091939.1)
    • L'organisme et le tax_id NCBI indiqués reflètent le niveau commun le plus bas, pour l'ensemble de génomes sur lesquels la protéine est annotée.
    • L'information la plus spécifique sur l'organisme fournie est l'information spécifique à la souche binomiale de l'espèce du genre n'est pas incluse dans les enregistrements de protéines non redondants.
    • Les informations sur l'organisme peuvent se situer au niveau du genre, de la famille ou à un autre niveau taxonomique. Ceci s'accompagne de l'inclusion du préfixe 'MULTISPECIES' dans la ligne DEFINITION.
    • Des caractéristiques de sources multiples sont fournies lorsqu'une protéine non redondante est annotée sur des génomes de différents super-royaumes. Ceci est accompagné du mot-clé 'CROSS_KINGDOM' et de plusieurs blocs ORGANISM (par exemple, WP_041895446.1)

    1) Protéine RefSeq non redondante trouvée dans une seule souche (WP_032359739.1). Les caractéristiques DÉFINITION, ORGANISME et source indiquent l'espèce.

    2) Protéine RefSeq non redondante trouvée dans plusieurs espèces du genre Rhizobiaceae (WP_003547430.1). Les caractéristiques DEFINITION, ORGANISM et source indiquent le genre.

    3) Protéine RefSeq non redondante trouvée dans les génomes des super-royaumes Archaea et Bacteria (WP_041895446.1). Notez que la ligne DEFINITION signale deux super-royaumes, chacun entre crochets. Il existe deux blocs ORGANISM et deux blocs de fonctionnalités source.


    Anglais britannique
    ( ) = parenthèses rondes ou supports

    anglais américain
    ( ) = parenthèses

    Les parenthèses rondes sont essentiellement utilisées pour ajouter des informations supplémentaires à une phrase. Regardez ces exemples:

    1. expliquer ou clarifier
      • Tony Blair (l'ancien Premier ministre britannique) a démissionné de ses fonctions en 2007.
    2. indiquer le pluriel ou le singulier
      • Veuillez laisser votre(vos) téléphone(s) portable(s) à la porte.
    3. ajouter un commentaire personnel
      • Beaucoup de gens aiment les fêtes (je n'aime pas).
    4. définir des abréviations
      • La question sera tranchée par le CIO (Comité International Olympique).

    Certains grammairiens pensent que (dans la mesure du possible) nous devrions utiliser des virgules.
    Certains grammairiens pensent que, dans la mesure du possible, nous devrions utiliser des virgules.

    N'oubliez pas que le point, le point d'exclamation ou le point d'interrogation se place après la dernière parenthèse (à moins que les parenthèses ne contiennent une phrase complète). Regardez ces exemples:

    • Ma voiture est dans l'allée (avec la fenêtre ouverte).
    • Je viens d'avoir un accident avec notre nouvelle voiture. (Sssh ! Mon mari ne le sait pas encore.)
    • Le temps est magnifique. (Si seulement c'était toujours comme ça !)
    • La fête était fantastique (comme toujours) !
    • Vous vous souvenez de Johnny (l'ami de mon frère) ?
    • Johnny est venu aussi. (Vous vous souvenez de Johnny ?) Nous avons passé un bon moment.

    Pourquoi le site FTP des génomes NCBI a-t-il été réorganisé ?

    Historiquement, le site FTP des génomes était peuplé par différents flux de processus et groupes de travail NCBI, entraînant des différences indésirables dans le contenu disponible et les formats de fichiers. En outre, les données pour les génomes GenBank et les génomes RefSeq étaient situées dans différentes zones du site FTP du NCBI qui avaient une organisation différente.

    NCBI a repensé le site FTP des génomes pour étendre le contenu et faciliter l'accès aux données grâce à une hiérarchie de répertoires organisée et prévisible avec des noms et des formats de fichiers cohérents. Le site offre désormais une meilleure prise en charge du téléchargement de séquences génomiques assemblées et/ou de données d'annotation correspondantes avec une plus grande uniformité entre les espèces. La structure actuelle du site FTP fournit un point d'entrée unique pour accéder au contenu représentant les données GenBank ou RefSeq.

    La version initiale du site FTP des génomes repensé en août 2014 a ajouté trois nouveaux répertoires, à savoir « genbank », « refseq » et « all » à la zone ftp existante – ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ génomes/. Ces répertoires fournissent un ensemble de fichiers de base représentant à la fois le contenu des séquences et des annotations dans plusieurs formats (voir ci-dessous). Des formats de fichiers supplémentaires ont été ajoutés dans les mises à jour ultérieures.

    Le contenu de la plupart des anciens répertoires sur le site ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/, et le contenu précédemment sur ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes / n'est plus mis à jour. De nombreux anciens répertoires de ces deux zones ont été déplacés vers des sous-répertoires d'archives dans la zone /genomes/ le 2 décembre 2015. La plupart des anciens répertoires restants ont été déplacés vers les archives en mars 2020. Les détails des répertoires et fichiers FTP déplacés sont les suivants .

    • Tous les répertoires et fichiers de ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/ ont été archivés sur ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/archive/old_genbank
    • Les répertoires suivants de ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ ont été archivés sur ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/archive/old_refseq/
      • tous les répertoires Genus_species
      • ASSEMBLY_BACTÉRIES
      • Bactéries
      • Bactéries_DRAFT
      • Chloroplastes
      • GROUPES
      • Champignons
      • MITOCHONDRIE
      • LES PLANTES
      • Plasmides
      • Protozoaires

      Les crochets ([fubar]) sont généralement utilisés pour ce qu'on appelle étroit transcription - cela inclut autant de détails que le transcripteur le juge nécessaire. Les barres obliques (/fubar/) représentent le vaste transcription, qui n'inclut pas d'informations "prévisibles".

      Par exemple, en anglais, les plosives sans voix sont aspirées au début du mot et en début de stress. Ainsi, une transcription étroite de "cool" pourrait être [kʰul], tandis qu'une transcription large serait /kul/. De même, "lack" pourrait être représenté par [læk] et /læk/ - notez que le /k/ large peut devenir étroit [k] ou [kʰ], selon sa position dans le mot et les sons environnants. Parce que cette information est prévisible par la règle ci-dessus, l'aspiration est exclue de la transcription large.

      Dans la description linguistique, les désignations « large » et « » et « et Dans le cadre de la phonologie générative, cependant, ceux-ci sont supposés représenter deux étapes distinctes du traitement phonologique, chacune avec une réalité psychologique. Les crochets désignent l'étape finale du traitement (qui est envoyée aux articulateurs), appelée "transcription phonétique", tandis que les barres obliques désignent la forme stockée dans le lexique mental (dépouillée de toute information prévisible), appelée "transcription phonémique".

      Pour effectuer ce type d'analyse, vous devez d'abord déterminer quels sons sont contrastés dans la sortie. Par exemple, en anglais, [pʰ] et [p] ne sont pas contrastés, car [pʰæt] et [pæt] "pat" sont jugés comme étant "le même" mot par (la plupart) des locuteurs natifs (même si [pæt] serait mal formé ). Cependant, en hindi, [kapʰi] "coffee" et [kapi] "copy" sont deux mots distincts. L'hypothèse générative est que chaque ensemble de sons non contrastés est stocké comme une seule unité dans le cerveau, appelée un phonème (en barres obliques), qui se transforme en une forme finale (entre parenthèses) passée aux articulateurs par une série de règles ordonnées en série ou de contraintes simultanées sur les formes de sortie possibles.

      Oui, /fubar/ est généralement utilisé pour phonémique transcriptions, et [fubar] pour phonétique transcriptions. Mais, juste pour clarifier la terminologie, phonémique vs phonétique n'est pas nécessairement la même chose qu'une transcription large vs étroite.

      De nombreux linguistes parlent d'utiliser les deux transcriptions phonétiques larges et étroites, qui fait simplement référence au niveau de détail utilisé pour représenter les sons réels de la parole. Une transcription phonétique étroite représenterait chaque minuscule caractéristique des sons de la parole tels qu'ils sont produits dans un énoncé de la langue X, tandis qu'une transcription phonétique large indiquerait certaines des caractéristiques les plus saillantes des phonèmes transcrits, sans être exhaustive mais aussi sans nécessairement faire des déclarations sur les segments qui sont phonémiquement/phonologiquement contrastés.

      Transcription phonémique, d'autre part, ne peut vraiment être que large, en ce sens qu'il ne représente que les sons qui sont censés être contrastés dans la langue donnée, sans aucun détail qui ne soit pas directement pertinent pour former ces contrastes. La transcription phonémique ne décrit pas comment un énoncé sonne réellement lorsqu'il est produit par un locuteur particulier parlant dans un style particulier dans une situation particulière - la transcription phonémique est la représentation "idéalisée" des sons de la parole, et est censée représenter les contrastes sous-jacents qui sont significatifs pour haut-parleurs. Vous ne pouvez effectuer une transcription phonémique que lorsque vous avez déjà effectué pas mal de travail sur la langue X (collecté une gamme d'éléments lexicaux, trouvé quelques paires minimales et/ou élaboré les modèles de variation allophonique, etc.) car la transcription phonémique implique que vous/quelqu'un avez décidé quels téléphones se rapportent à des phonèmes contrastifs (différents sons qui peuvent se produire exactement dans le même environnement) et quels téléphones se produisent à la suite d'une variation libre/conditionnée.

      Les exemples donnés par @Alek Storm ci-dessus illustrent les différences entre [phonétique] et /phonémique/transcription - n'oubliez pas que la phonétique peut être large et étroit.


      Les parenthèses sont seul nécessaire pour les composés formés à partir de ions complexes. Mais qu'est-ce qu'un ion complexe ? Eh bien, c'est un ion qui est composé de plus d'un élément.

      Les exemples les plus courants d'ions complexes sont :

      • Hydroxyde OH –
      • Sulfate SO4 2-
      • Nitrate NON3
      • Carbonate CO3 2-
      • Ammonium NH4 +

      Vous êtes censé connaître les formules de ces ions complexes (et leurs charges) pour l'examen.

      S'il y a seulement un ion complexe, alors les parenthèses sont ne pas nécessaire

      Exemples: NaOH MgSO4NH4NON3CaCO3

      S'il y a plus d'un ion complexe dans le composé, puis parenthèses sommes nécessaire

      La raison en est que vous devez mettre un crochet autour de l'ion complexe pour montrer combien de ces ions complexes entiers il y a dans le composé.

      C'est tout pour les parenthèses ! Sauf que si vous n'êtes pas sûr de savoir s'il n'y a qu'un seul ion dans un composé, ou deux ou trois, alors jetez un œil ici : Les meilleurs conseils pour écrire des formules chimiques où vous apprendrez à équilibrer les charges positives et négatives ions.


      Quand &ldquo《&rdquo et &ldquo 》&rdquo et les autres crochets sont-ils utilisés ?

      C'est un symbole pour identifier le titre, le nom du journal, le nom du fichier, le nom de l'opéra, le nom de la chanson, le nom de l'image, le nom du livre, le nom des programmes de cinéma et de télévision, etc.
      《》 et 〈〉 sont utilisés au format horizontal (le format vertical utilise ︽︾ et ︿﹀ ), et peuvent être utilisés imbriqués. Vous devez d'abord utiliser 《》 / ︽︾, puis 〈〉 / ︿﹀ , puis 《》 / ︽︾ ,.
      Il existe également d'autres types de , vous pouvez vous référer à la page wiki ICI.

      Vous pouvez vous référer à la page wiki ICI.
      Ils sont souvent utilisés pour les notes et les commentaires dans les articles. Et 【】 / 〖〗 souvent utilisé dans les articles formels、articles édités par ordinateur (les articles manuscrits ne les utiliseront pas, utilisez simplement () , [] , etc):

      Il est souvent placé en bas d'une page.
      〖〗 est rarement utilisé, et je ne sais pas s'il est utilisé pour l'imbrication avec 【】 ou non.

      Il est utilisé pour citer, et comme 书名号 , vous devez d'abord utiliser "" / 「」, puis '' / 『』 :

      D'une manière générale, le second est rarement utilisé. Il est principalement utilisé pour citer à l'intérieur d'une citation. Vous pouvez vous référer à la page wiki ICI.

      « 《》 » est utilisé exclusivement autour des noms de livres ou d'articles. Lorsque vous faites référence à un nom de livre à l'intérieur d'un "《》", utilisez "〈〉" (d'une manière similaire à l'utilisation de ' et ").

      Parenthèses carottes : 《, 》,〈 et 〉 : elles sont appelées 书名号. @Frank a donné leur utilisation dans sa réponse.

      Crochets : 【, 】,〖 et 〗, crochets en C : 〔 et 〕 : ils sont tous .
      , : 实心方头括号
      , : 空心方头括号
      Je viens juste de trouver leurs noms dans le wiki, car ils ne sont pas souvent utilisés. Certaines des situations dans lesquelles ils peuvent être utilisés peuvent être trouvées dans la page wiki.

      La seule paire de qui est systématiquement utilisée dans les articles est 〔, , également appelée 圆括号. Il est utilisé pour montrer un commentaire, une annotation, une explication, etc. au mot ou à la phrase précédente. Le contenu à l'intérieur sera généralement ignoré lors de la lecture du passage.

      L-crochets : 「, 」, et 』 : Ce sont des guillemets 引号, la paire précédente est 单引号, la dernière 双引号. L'utilisation est presque la même que " " et " ", mais ne peut pas être mélangée avec eux. En Chine continentale, "" et "" seront utilisés.

      Une recherche plus approfondie dans wiki et baidubaike me donne des résultats intéressants sur les guillemets.

      En Chine continentale, "" sera utilisé. Lorsqu'ils sont imbriqués, les guillemets sont utilisés de la manière suivante :

      C'est-à-dire que la paire la plus à l'extérieur est "" , la paire intérieure est '', et s'il y a un autre niveau de citation à l'intérieur de '' , "" sera à nouveau utilisé.

      À Hongkong et à Taïwan, 「」 sera utilisé. Et une fois imbriqué : 「 . . . . Je ne sais pas quoi utiliser avec plus de niveaux d'imbrication.


      2 réponses 2

      Les crochets sont une notation abrégée pour effectuer un test conditionnel. Les crochets [ , ainsi que [[ sont des commandes réelles dans Unix, croyez-le ou non.

      Dans Bash, le [ est une commande intégrée ainsi qu'un exécutable. [[ n'est qu'un mot-clé pour Bash.

      Exemple

      Vous pouvez le confirmer en tapant :

      Vous pouvez voir l'exécutable physique ici :

      Builtins vs mots-clés

      Si vous jetez un œil à la page de manuel de Bash, man bash , vous trouverez les définitions suivantes pour le 2:

      mots clés - Les mots réservés sont des mots qui ont une signification particulière pour le shell. Les mots suivants sont reconnus comme réservés lorsqu'ils sont sans guillemets et soit le premier mot d'une commande simple (voir SHELL GRAMMAR ci-dessous), soit le troisième mot d'une case ou pour la commande :

      intégrés - Si le nom de la commande ne contient pas de slash, le shell tente de le localiser. S'il existe une fonction shell de ce nom, cette fonction est appelée comme décrit ci-dessus dans FUNCTIONS. Si le nom ne correspond pas à une fonction, le shell le recherche dans la liste des fonctions intégrées du shell. Si une correspondance est trouvée, cette fonction intégrée est invoquée.

      Si le nom n'est ni une fonction shell ni une fonction intégrée et ne contient aucune barre oblique, bash recherche dans chaque élément du PATH un répertoire contenant un fichier exécutable de ce nom. Bash utilise une table de hachage pour mémoriser les noms de chemin complets des fichiers exécutables (voir hachage sous SHELL BUILTIN COMMANDES ci-dessous). Une recherche complète des répertoires dans PATH est effectuée uniquement si la commande n'est pas trouvée dans la table de hachage. Si la recherche échoue, le shell recherche une fonction shell définie nommée command_not_found_handle. Si cette fonction existe, elle est invoquée avec la commande d'origine et les arguments de la commande d'origine comme arguments, et l'état de sortie de la fonction devient l'état de sortie du shell. Si cette fonction n'est pas définie, le shell affiche un message d'erreur et renvoie un état de sortie de 127.

      Page de manuel

      Si vous parcourez la page de manuel de Bash, vous en trouverez les détails.

      MODIFIER #1

      Question de suivi du PO.

      Ok, alors pourquoi y a-t-il un besoin d'un "si" alors ? Je veux dire, pourquoi "si" existe même si "[" suffirait.

      Le si fait partie d'un conditionnel. La commande de test ou [ . La commande ] évalue simplement le conditionnel et renvoie un 0 ou un 1. Le 0 ou 1 est ensuite traité par l'instruction if. Les 2 fonctionnent ensemble lorsque vous les utilisez.


      Vous n'échappez pas aux crochets dans LaTeX si vous voulez qu'ils soient composés. [ et ] sont essentiellement des synonymes de egin et fin , (ou egin et fin avec amsmath chargé), et rendra le contenu inclus composé dans une équation mathématique affichée non numérotée sur une ligne séparée, ce qui n'est clairement pas ce que vous voulez.

      En conclusion, vous devriez simplement écrire

      mot pour mot pour obtenir le résultat

      Éditer: Comme indiqué dans les commentaires, cela ne fonctionnera pas dans les cas particuliers où les crochets suivent une macro (comme dans item [2007] EWA ) ou s'il vient en premier dans une rangée dans un tableau . Dans ces situations, il faut regrouper les crochets à l'intérieur des accolades comme <[2007]>EWA .